Se distinguen dos sectores con navegación fluvial.

El primero está estructurado a lo largo de 3442 km por la Hidrovía Paraná-Paraguay, desde el Río de la Plata hasta Puerto Cáceres, en el estado de Mato Grosso. Constituye una importante vía fluvial que proporciona una salida al océano a ciudades interiores de Argentina y Paraguay.

El acceso de barcos oceánicos al Paraná depende del estado de dragado de los principales canales de acceso en el Río de la Plata: el Canal Emilio Mitre (profundidad mínima: 10,8 metros) y el Canal Punta Indio (profundidad mínima: 10,8 metros), así como el de los brazos Paraná de las Palmas y Paraná Guazú, con profundidades de 8,7 y 9,1 metros respectivamente. La profundidad de la hidrovía es de 10,5 metros hasta Rosario (km 416) y de 7,5 metros hasta Santa Fe (km 580). Desde Santa Fe hasta la confluencia con el río Paraguay (km 1240), la profundidad mínima del canal es de 3,60 m, lo que permite la navegación de embarcaciones oceánicas de hasta 1500 toneladas. Desde este punto y hasta Ituzaingó (km 1455), la navegación de convoyes de barcazas importantes es posible, dado que la profundidad alcanza 1,80 m.
La construcción de la represa de Yaciretá y una esclusa sobre ésta permitieron la navegación desde Ituzaingo hasta Posadas (km 1583), al quedar los rápidos de Apipé y Carayá bajo las aguas del embalse. La navegación cuenta con 2,40 metros de profundidad hasta Ciudad del Este (km 1932), donde se ve interrumpida por la represa de Itaipú.

La navegación, impedida por la presa, continúa más al norte, sobre la red brasileña de la Hidrovía Paraná-Tietê. Después de la presa, la ruta sigue hasta la confluencia de ríos Paranaíba y Grande (km 2570) y más allá, por el Paranaíba, a través del Canal Pereira Barreto hasta el puerto de São Simão (Goiás) antes de la represa del mismo nombre, y por el Tieté hasta Anhumas cerca de São Paulo, la navegación es posible cada año para embarcaciones de hasta 3 m de calado, ya que en todas las represas hay esclusas de navegación.
Está proyectada la construcción de una esclusa que salve el desnivel de 120 m de la represa de Itaipu, vinculando las dos hidrovías, lo que posibilitará la navegación fluvial entre Buenos Aires y São Paulo en el futuro.